常用生物信息学网址&分子生物学软件--茉莉香舍

NCBI 生物信息学研究工具网站由美国国家生物技术信息中心支持。该网站提供了许多程序的链接，内容包括数据挖掘、核酸和蛋白质组分析等。同时，网站还提供了许多相关链接和资源。

欧洲生物信息学研究所是一个非盈利学术机构，是欧洲分子生物学实验室的一部分。它是生物信息学研究和服务的中心。它所管理生物数据的数据库包括核酸，蛋白质序列和大分子结构。它的使命是保证从分子生物学和基因组研究的日益增长的信息向公众公开，并且对科学研究团体提供任何方面的免费使用，以促进科学发展。

欧洲生物信息学研究所 Ensembl 基因组浏览器： ttp://www.ebi.ac.uk/ensembl/index.html

Brutlag 生物信息学研究组是斯坦福大学的一个研究团体，主要研究从蛋白质一级结构预测蛋白质结构和功能，其开发了 EMOTIF 、 EMATRIX 和 3MOTIF 软件应用于非鉴定的基因组序列的功能确定，另外还开发了 LOCK 和 3DSEARCH 软件用于比较蛋白质结构和蛋白质结构数据库的搜索。

生物信息学小组主页是德国生物技术研究中心的生物信息组的主页。其提供的资源十分丰富，包括出版物、研究计划、研究组介绍、五个重要数据库、十二个工具软件和资源链接等。

Pune 大学生物信息学中心成立于 1987 年，是生物技术系统的九大中心之一。提供生物工程领域的信息 , 侧重病毒学 , 蛋白质和核酸序列与结构。其提供的资源丰富，包括数据库、微生物菌株数据网络系统、生物信息学中心图书馆、 Alpha 服务器的软件包、生物信息学的有用网址、 EBI 和 PDB 的数据库镜像等。

北京大学生物信息中心（ CBI ）成立于 1997 年，是欧洲分子生物学网络组织 EMBnet 的中国国家接点。几年来，已经与多个国家的生物信息中心建立了合作关系。目前是国内数据库种类最多，数据量最大的生物信息站点。在基因预测、基因组、蛋白质结构等领域都有相应的研究项目。

这是加拿大生物信息学资源 (CBR) 的网站。该网站由加拿大国家研究委员会 (NRC) 创建，旨在为国家研究委员会与其它政府、学术部门的科学家提供广泛使用的生物信息学工具和共享数据。加拿大生物信息学资源部分由一个专门使用该资源的委员会管理，而且其资源在用于教育和非盈利研究时只需注册均可免费作用。网站还提供有关新闻、服务与下载等信息。

结构生物信息学公司是世界上占领导地位的、蛋白质组学推动的药物发现的公司，他们大规模地产生和使用蛋白质结构信息，以期加速发现和优化过程。它提供的软件主要针对加速药物发现和优化过程、提高筛选效率和降低成本、极大地重视知识产权的地位、提高药物性能和增加技术和市场成功的可能性。此外，还提供三个药物数据库。

这是林奈斯生物信息学中心 (LCB) 的网站。林奈斯生物信息学中心研究非常活跃，隶属于瑞典 Uppsala 生物医学中心。作为一个由 Uppsala 大学与瑞典农业大学的联合研究机构，确保了高质量的尖端的研究与教育，其研究范围从微生物与哺乳动物基因组学经计算机的功能基因组学到分子进化。网站还提供有关入学、新闻时事、研讨会、工具、学生计划等方面的信息。

曼彻斯特大学生物信息学教育与研究是欧洲分子生物网络的节点之一，负责维护一些数据库（如蛋白质模体指纹数据库， PRINTS ）。站点提供蛋白质同源性分析，蛋白质模体指纹分析，系统发生和序列进化分析，以及微阵列分析，并提供生物信息学和 PRINTS 数据库数据下载。

生物信息学》是由英国牛津大学出版社出版。其主要刊登生物信息和计算生物学方面的研究论文、书评、综述、读者来信和述评等文章。其刊载的文章在两年内供给学术界免费使用。

生物信息学是印第安纳大学分子和细胞生物学研究所提供的生物信息学资源。此资源包括数据库、基因发现程序、蛋白质模建、生物信息学在线教程、研究基金的来源、研究项目和生物信息学工具软件等。

生物信息学的网络资源是美国哥伦比亚大学的 Bill Noble 教授建立的有关生物信息学的网络资源总集。其涉及面广，包括基因组学和生物信息学中心、生物信息学工具和基因组计划索引、 DNA 和蛋白质分析工具、生物信息学课程主页、生物信息学和生物技术的学术项目、生物信息学文献参考，以及网上引物。

生物信息学趋势导向： http://www.ped.med.utah.edu/genpedscrr/Trends.htm 生物信息学趋势导向主要提供《今天免疫学》杂志的增刊有关生物信息学的内容。这些内容包括的资源十分丰富，涉及文本格式数据库，原理和实用数据库搜索，计算生物学基因发现，多序列联配和检索，蛋白质分类和功能归属，系统进化分析和比较基因组学，功能基因组学等。

这是生物信息学的网站，主要是负责中国医学科学院肿瘤医院 / 肿瘤研究所生物信息学研发及服务工作。该网站提供生物统计分析以 SAS 和 R 为主，并且设有其他数十种生物信息学分析辅助软件，如 Blast, Phrap, Bioperl, EMBOSS, Hmmer, GO 等等。另外也提供论坛，相关论文以及常用生物信息学网址等。

分子生物学研究人员推荐软件安装

文献管理与分析：

EndNote X1，文献管理软件，平时方便论文管理，写文章的时候插入文献也是相当的方便；

RefViz 2.1，文献分析软件，与EndNote结合使用，分析文献，可以省掉大把自己看自己归纳的时间；

ReferenceManager似乎很久没有更新了，Thomoson看来以后可能只管EndNote了。

分子生物学综合软件：

Vector NTI 10.3，分子生物学的综合软件，什么功能几乎都全了；

BioEdit 7，杂七杂八的功能凑在一起的一个分子生物学软件，有些罕见的Vector NTI所没有的功能；

DNAMAN 6，与Vector NTI类似的一个软件，但是图型化上做的很差，集成度和序列的管理功能比Vector NTI差的不是一点点，罕用，但有时候有些序列的格式非得要用它的样子排，没有办法；

大分子二维/三维结构绘图软件：

PyMol 0.99，有1.0，可惜要钱了，也没有P-J。蛋白质三维结构查看软件，神奇的就在于它可以编辑小范围内的结构；

DeepViewer 3.7，PDB Viewer的换汤不换药升级版，在预测功能上有所突破，期待新版本的出现令其可与PyMol有的一拼，谁叫PyMol在Windows下开始收钱呢？为了一个PyMol装个Linux似乎还没有这样大的动力；

RNADraw 1.1，RNA和DNA二级结构的分析软件，可以分析做PCR的时候的引物的二聚体，更直观一些；

Accelery Insight II，Linux下的大型三维结构模拟软件，2.1 G！据称是非常强大。为了这个装个Linux似乎还说的过去。

质粒绘图软件：

Vector NTI和DNAMAN其实也可以画，但是不如下面这几个来的专业或方便：

SimVector 4，与Primer Premier同一家公司的软件，画质粒的一个软件，效果还行，与VectorNTI画出来的风格不一样，有的杂志喜欢；

WinPlas 2.7，很老的质粒绘图软件，很久没有升级了，画出来的质量非常差，可是小，比较快；

Visual Cloning 3.2.4，一个界面豪华的质粒及克隆整个过程的画图软件，大而慢，选用。

引物设计软件：

Primer premier 5，引物设计软件，大家都用，我也用；

Oligo 6.7包1，引物设计软件，大家都用，我还用，设计Fusion PCR和In-Fusion连接的引物的时候，比Primer premier直观一些；

Allele ID 6.0/Beacon Designer 7.0，RT-PCR设计软件，与Primer Premier同一家公司的软件，软件界面非常相似，到现在也没有搞清楚两个有什么区别，不知道有什么意思，具体还需要试一下；

办公软件：

Microsoft WORD 2003，不说了；

Microsoft Excel 2003，不说了；

Microsoft PowerPoint 2003，不说了；

Adobe Acrobat Professional 8.1，不说了；

PDF2Office 2.0，把PDF转成WORD，中文支持大大的好，但页面格局往往破坏的一塌糊涂；

Adult PDF Password Recovery 2.3，看名字就知道干什么的了，相当强大，加密的PDF往往不能取词不能打印；

SolidPDFConverter 3.0，把PDF转成WORD，中文支持大大的不好；

凝胶分析软件：

QuantityOne 4.6.2，BioRad的凝胶成像仪自带的电泳图像软件，算很好上手的了；

GelPro Analyzer 4.5，跑胶和杂交以及菌落的分析软件，已有6.0版，可惜我这里没有破解版；

PDQuest 8.0.1 Advance，BioRad的二维电泳分析软件，算好用的，功能上没用过其它的，真的不好说；

代谢网络和信号传导分析软件：

CellNetAnalyzer 6.0，以前叫FluxAnalyzer，基于MatLab的代谢网络和信号传导网络分析模块，大部分论文中的代谢网络分析都是或明或暗的用这个分析的；

PathwayStudio 5.0，蛋白质相互作用、细胞信号转导和代谢分析的软件；

图片处理：

图片是用来表达思想最有力的工具了，所以在这里就多了一些。

Adobe Photoshop CS3 Extended，修改图片，可以做出以假乱真的效果，功能非常强大，但在画示意图上不是很方便，对线条和几何图形的支持尤为不便；

Adobe Streamline 4，好久没有升级的一个软件，把位图转成矢量图的一个软件，很好用；

Image-Pro Plus 6.0，对图象进行加工处理并得到数据的软件，专业，相当的专业，已有6.2版，可惜我这里没有破解版；

Adobe Fireworks CS3/Illustrator CS3，矢量图和位图工具二合一，可以画一些复杂的图，像GENE，MCB上面的很多图都可以很轻松的用Fireworks/Illustrator画出来，流程图，细胞结构，各种复杂的示意图等等都没有问题，矢量工具非常好用。Fireworks更适合入门。Illustrator是纯粹的矢量软件，新手用起来可能会有点不适应，特别是从Photoshop转过来的新手；

ChemSketch 10，画分子结构式的，几乎可以胜任所有的化学结构式的任务了；

SnagIt 8.5，抓图软件，同类软件里面最好用的一个了，连续截屏和延迟截屏是最大特色；

流程图软件：

Microsoft Visio 2003，画流程图和一些复杂的示意图，与SmartDraw类似，但是在PPT里面的显示效果远胜SmartDraw，因为与PPT是一家的，兼容性更好，更方便；

SmartDraw 7.7，画流程图和一些复杂的示意图；

ConceptDraw 7.5 Professional，SmartDraw在接下来一段时间内的强有力的竞争对手，虽然SmartDraw 8 Professional进行了升级，但是却不再支持中文，相当让人失望，ConceptDraw这时候具有了天然的竞争优势了；

数学软件：

OriginPro 8.0 SP1，画各种各样的曲线图，兼做简单的数据处理；

SigmaPlot 10.0，与Origin类似，画出来的图风格不大一样，OriginPro 8.0推出之后，SigmaPlot已经渐显颓势，期待新版本了；

SigmaStat 3.5，分析为主的一个小统计软件，在SigmaPlot中可以调用它，如果不用SigmaPlot，个人感觉其没有任何意义；

SPSS 16，大型的分析软件，几乎拥有所有的统计分析功能；

MatLab 7.1，呵呵，这样说吧，数学里面的，几乎什么都可以；

SAS JMP 7.0，SAS公司为了解决SAS难用而开发的一个软件，据一位专业级的统计分析人物推荐，觉得SPSS太不中用，还是SAS家的东西可靠些。

另外还有很多常见的分析软件如SAS 9.1，Statistica 7.0， SysStat 12.0等等，功能上都差不多，都很强大，但我们还是实验为主，能完成任务即可，实际上学精任何一个都足够用了。

其它：

UltraEdit 13.10a，取代记事本的一个强大软件，很多时候会用到，比如把CNKI的数据导到EndNote，有些软件的16进制下的P-J；

这些软件目前而言，应该可以对付从科研到发文章的所有的事情了。

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